草案三審稿明確醫療廢物按照國家危險廢物名錄管理，要求縣級以上地方人民政府加強醫療廢物集中處置能力建設。此外，草案三審稿突出主體責任，要求醫療衛生機構依法分類收集本單位產生的醫療廢物，交由醫療廢物集中處置單位處置，醫療廢物集中處置單位應當及時收集、運輸和處置醫療廢物，防止醫療廢物流失、泄漏、擴散。
在完善應急保障機制方面，草案三審稿規定，重大傳染病疫情等突發事件發生時，縣級以上人民政府應當統籌協調醫療廢物等危險廢物收集、貯存、運輸、處置等工作，保障所需的車輛、場地、處置設施和防護物資。有關主管部門應當協同配合，依法履行應急處置職責。
草案三審稿還強化了對實驗室固體廢物的管理，規定各級各類實驗室及其設立單位應當加強對實驗室產生的固體廢物的管理，依法收集、貯存、運輸、利用、處置實驗室固體廢物。
隨著近年來網絡購物和快遞、外賣等行業快速發展帶來的過度包裝和一次性塑料制品泛濫的現象，草案三審稿增加規定，要求生產經營者應當遵守有關限制商品過度包裝的強制性標準，避免過度包裝；電子商務、快遞、外賣等行業應當優先采用可重復使用、易回收利用的包裝物，優化物品包裝，減少包裝物的使用，并積極回收利用包裝物。
此外，針對城鄉垃圾分類實踐中前端分類投放、后方混合處理的現象，草案三審稿要求已經分類投放的生活垃圾，應當按照規定分類收集、分類運輸、分類處理。